يعد التعرف على أنواع مختلفة من البكتيريا والفيروسات والفطريات والخميرة وزراعتها، وتحديد نوع وحدود المسموح بها من الكائنات الحية الدقيقة الهوائية واللاهوائية في المياه والمواد الخام والمنتجات الغذائية من أهم أنشطة قسم الأحياء الدقيقة.
مكافحة التلوث الميكروبي في إنتاج وتصنيع وتعبئة الخلاصات العشبية والزيوت العطرية والمستخلصات والنكهات. مكافحة الميكروبات في المواد الخام والمنتجات الغذائية والصيدلانية ومستحضرات التجميل والمنتجات الصحية. مكافحة الميكروبات في المواد الخام الكرتونية ومواد تغليف المنتجات الغذائية والصيدلانية ومستحضرات التجميل والمنتجات الصحية.